Để tái khởi động bóng đá chuyên nghiệp ở thành phố Paris, Paris FC được thành lập vào ngày 1 tháng 8 năm 1969. Câu lạc bộ đặt mục tiêu chơi ở giải đấu cao nhất nước Pháp vào năm 1970. Vì không thể sáp nhập với CS Sedan Ardennes, Paris FC đã đến giải hạng nhất và hợp nhất với Stade Saint-Germain để thành lập Paris Saint-Germain. Paris FC của hiện tại ra đời vào năm 1972 sau khi câu lạc bộ tách khỏi Paris Saint-Germain vì bị chịu áp lực từ thị trưởng của thành phố thủ đô, người đã từ chối ủng hộ một câu lạc bộ không phải của Paris (câu lạc bộ ban đầu nằm ở gần Saint-Germain-en-Laye). Kết quả là, một cuộc chia rẽ đã xảy ra, Paris FC và Paris Saint-Germain trở thành 2 câu lạc bộ bóng đá riêng biệt với thỏa thuận là Paris FC được tiếp tục đá ở giải Vô địch Quốc gia và được giữ lại tất cả các cầu thủ của đội bóng. Mặt khác, Paris Saint-Germain phải xuống chơi tại Ligue 3 và chỉ có được các cầu thủ nghiệp dư.[1][2]

Vào đầu mùa giải 1972–73, Paris FC chơi ở Ligue 1 và sử dụng Sân vận động Công viên các Hoàng tử làm sân nhà. Hai mùa giải sau, câu lạc bộ bị xuống hạng Ligue 2, và Paris Saint-Germain mua lại Sân vận động Công viên các Hoàng tử. Sau bốn năm chơi ở Ligue 2, Paris trở lại Ligue 1 vào mùa giải 1978–79. Tuy nhiên, câu lạc bộ lại phải xuống chơi tại Ligue 2 chỉ sau một mùa giải. Kể từ đó, Paris FC vẫn chưa trở lại giải đấu cao nhất nước Pháp.

Năm 1983, Paris FC sát nhập với Racing Club de France. Trong khi Racing vẫn thi đấu tại Ligue 1, PFC đã phải chơi tại Ligue 4. Câu lạc bộ xuống hạng đến Division d'Honneur sau một mùa giải và sau đó. Paris thi đấu 4 mùa giải tại đó trước khi trở lại Ligue 4 vào năm 1988. Paris lên chơi tại Ligue 3 1 năm sau đó. Năm 2000, câu lạc bộ đứng thứ 17 bị xuống hạng đến Championnat de France. Paris đã có 6 năm ở Ligue 4 trước khi trở lại Ligue 3 vào mùa giải 2006–07. Sau mùa giải 2014–15 thành công, câu lạc bộ đã thăng hạng lên Ligue 2, cùng với đối thủ cùng địa phương là Red Star FC. Tuy nhiên, chỉ 1 năm sau, câu lạc bộ lại trở lại Ligue 3 vào mùa giải 2016–17.

Vào mùa giải 2016–17, Paris FC đấu trận plays-offs lên hạng với US Orleans nhưng để thua trong cả hai lượt trận. Nhưng Paris FC vẫn được thăng hạng lên Ligue 2 vì SC Bátia phải xuống Ligue 3 do bất thường về mặt tài chính.[3] Vào mùa 2017–18, Paris FC đứng thứ 8 trên bảng xếp hạng dù có một giai đoạn nằm trong nhóm có thể lên hạng.[4]

Vào mùa 2018–19, Paris FC đứng thứ 4 và đá plays-offs với RC Lens, nhưng để thua ở loạt sút luân lưu sau khi hòa 1-1.[5]

Ngày 30 tháng 4 năm 2021, Paris FC cùng Angers đã bị FIFA đưa ra lệnh cấm chuyển nhượng do vi phạm các quy định liên quan đến chuyển nhượng cầu thủ vào tháng 8 năm 2020. Lệnh cấm này có hiệu lực trong kỳ chuyển nhượng mùa hè năm 2021.[6]

Được Bahrain đầu tư

Tháng 7 năm 2020, một nhà tài trợ mới gia nhập Paris FC để hỗ trợ sự phát triển của câu lạc bộ: Vương quốc Bahrain. Thỏa thuận được hoàn tất với việc tăng vốn để cải thiện tài chính của câu lạc bộ, vương quốc được nắm giữ 20% giá trị câu lạc bộ. Pierre Ferracci, người sáng lập vào tháng 12 năm 1983 đã thành lập Alpha Group (tiếng Pháp: Groupe Alpha), sở hữu công ty con là công ty tư vấn và kiểm toán Alpha-Secafi,[7] vẫn là cổ đông chính với tỷ lệ cổ phần 77%. Ngoài khoản đầu tư này, Vương quốc Bahrain còn trở thành nhà tài trợ chính cho câu lạc bộ.

Hội đồng Paris đã bỏ phiếu về việc đổi mới tiền trợ cấp hàng năm mà Thành phố Paris phân bổ cho Paris FC. Một số tổ chức phi lợi nhuận có trụ sở tại Paris, bao gồm cả ADHRB đã kêu gọi Thành phố Paris tổ chức đối thoại về vấn nạn lạm dụng nhân quyền và án tử hình được thực hiện ở Vương quốc Bahrain, nơi nắm giữ 20% cổ phần của câu lạc bộ. Hội đồng Paris cáo buộc vương quốc này đánh lạc hướng công chúng khỏi sự lạm dụng của nó thông qua một môn thể thao phổ biến như bóng đá, thực hiện một hoạt động được gọi là Sport-Whitewashing hay Sportwashing. Hội đồng cũng yêu cầu trả tự do cho những người bị giam giữ bởi Bahrain trên cơ sở những lời thú tội có được thông qua các phương pháp tra tấn. Là một trong những đối tác lâu đời nhất của câu lạc bộ Paris FC, Mairie de Paris đã kêu gọi việc bảo vệ nhân quyền.[8][9]

Các tổ chức phi chính phủ đã nêu bật các hồ sơ nhân quyền và nỗ lực Sportwashing của Bahrain. Theo đó áo đấu của câu lạc bộ có dòng chữ "Victorious Bahrain" ("Bahrain chiến thắng") và Sân vận động Charléty có quảng cáo "Explore Bahrain" ("Khám phá Bahrain"). Việc công khai quảng bá như vậy được coi là không phù hợp, vì Bahrain được coi là một hệ thống cai trị thô bạo. Sau lời kêu gọi từ các tổ chức phi chính phủ, Hội đồng Paris đã bỏ phiếu về việc phân bổ khoản trợ cấp 500.000 euro cho câu lạc bộ. Theo đó, tất cả các vấn đề được lưu ý để đảm bảo bao gồm một "tổ chức các hành động bổ sung nhằm nâng cao nhận thức về quyền con người và đấu tranh chống lại mọi hình thức phân biệt đối xử". Bên cạnh đó, việc đề cập đến quan hệ đối tác tài chính tư nhân trong bản sửa đổi được cho là nguyên nhân dẫn đến việc thu hồi các bảng quảng cáo "Explore Bahrain" ở sân vận động Charléty.[10][11]